Klub Stypendystów Zagranicznych FNP, gdyż tak poczatkowo nazywał się Klub Stypendystów FNP, powstał w 2000 r. podczas zainicjowanego przez Fundację spotkania laureatów dotychczasowych edycji konkursu na stypendia zagraniczne dla doktorów (stypendium Kolumb). Poczatkowo Klub miał charakter nieformalnej grupy skupiającej środowisko młodych naukowców, którzy odbyli finansowany przez FNP staż w ośrodku zagranicznym.
W kwietniu 2003 r. Klub został zarejestrowany jako stowarzyszenie w Krajowym Rejestrze Sądowym. Do celów naszego stowarzyszenia należą: interdyscyplinarna i międzypokoleniowa integracja stypendystów FNP, działania wspierające naukę i propagujące etos naukowca oraz nauczyciela, krzewienie dobrej praktyki naukowej, podnoszenie kwalifikacji, wspieranie działań promujących naukę, a także wzajemna pomoc w sytuacjach losowych.
Wgrudniu 2009 r. Klub, w ślad za powstaniem innych programów podoktorskich przyznawanych przez FNP, rozszerzył swoje szeregi o laureatów programów takich jak:
- Homing/Powroty (później zastąpiony przez Homing-Plus)
- Focus
- Idee dla Polski
- Team
- Mistrz
- Welcome
a w maju 2014 r. o laureatów programu Pomost - granty powrotowe, którzy odbyli co najmniej 6-miesięczny staż naukowy w ośrodku zagranicznym.
Równocześnie, w 2009 r., nazwa stowarzyszenia została zmieniona na Klub Stypendystów FNP.